Для поддержания биоразнообразия на сегоднешний день в Кыргызской Республике создана сеть особо охраняемых природных территорий (ООПТ) на общей площади 1200872,0 га или 6,006 % от площади страны.

Из них: 10 государственных заповедников (596,3 тыс.га), 9 государственных природных парков (302,9 тыс.га), 10 лесных, 23 ботанических, 19 геологических, 2 комплексных и 14 охотничьих (зоологических) заказников с общей площадью 301,4 тыс.га.

Работы по организации ООПТ начаты еще в 30-х годах, когда в 1931 году Правительством республики были организованы первые временные заказники в урочищах Кызыл-Белек, Оробаши и Белек-Кулак на Кыргызском хребте. В 1945 году был создан первый лесоплодовый заказник на территории орехоплодовых лесов юга Кыргызстана.

В 1948 году был организован первый заповедник республики - Иссык-Кульский государственный заповедник, общая площадь которого составляет более 19,6 тыс.га.

В 2000 году была образована Биосферная территория “Ысык-Кёль” на площади 4314,4 тыс.га (административная территория Иссык-Кульской области), которая по действующему законодательству приравнивается к статусу охраняемых природных территорий на национальном уровне с особым режимом охраны.

 За годы независимости площадь особоохраняемых природных территорий в Кыргызстане выросла почти в 2,5 раза.

В 2009 году в целях  обеспечения сохранения уникальных природных комплексов и биологического разнообразия, охраны редких и находящихся под угрозой исчезновения видов животного и растительного мира, расширения сети ООПТ  Правительством КР поддержана инициатива Госагентства и образованы Сурматашский государственный заповедник в Кадамжайском районе Баткенской области, с общей площадью территории – 66 194 га (ППКР от 27.06.09г. № 414), государственный природный парк Саркент в Ляйлякском райне Баткенской области с общей площадью -  40 тыс. га (ППКР от 27.06.09г. № 415) и государственный ботанический заказник республиканского значения «Гора Айгуль-Таш» на площади 253,9 га (ППКР от 2.10.09г. № 628).

В настоящее время ведется работа по организации природных парков "Алай" в Ошской области (368,4 тыс.га),  "Хан-Тенгри" в Иссык-Кульской области (187,5 тыс.га), Дашманского госзаповедника (8,8 тыс.га) и ГПП "Авлетим-Ата" (более 45,0 тыс.га), расширению территории Падышатинского госзаповедника (на 15,8 тыс.га).

В соответствии с классификацией, принятой Международным союзом охраны природы (МСОП) ООПТ республики относятся к 4 категориям:

I категория - заповедники, где запрещена какая-либо хозяйственная и иная деятельность, нарушающая естественное развитие природных комплексов;

 Государственные заповедники Кыргызской Республики

II Категория – национальные прир одные парки, их в Кыргызстане – 9. Общая площадь национальных природных парков составляет 287,2 тыс.га, в которых установлен дифференцированный по участкам режим охраны (заповедный, зоны отдыха и т.д.) и использования природных комплек сов;

Государственные природные парки (ГПП) обеспечивают выполнение следующих основных задач: сохранение ландшафтов, водных объектов, флоры, фауны, памятников истории и культуры, создание условий для развития туризма, отдыха, знакомства с природой национального парка, разработки и внедрения научных методов сохранения природных комплексов в условиях рекреационного природопользования.

 Государственные природные национальные парки Кыргызской Республики

III категория - памятники природы или геологические заказники, которых в республике насчитывается 19;

IV категория - заказники, которые создаются для охраны отдельных компонентов природных комплексов. Заказники в свою очередь подразделяются на 4 группы: лесные, ботанические, охотничьи и комплексные.

Государственные заказники Кыргызской Республики