Особое значение для сохранения биоразнообразия, водооборота, защиты почвенного покрова от эрозии, обеспечения экологической стабильности и формирования климата имеют лесные экосистемы.

Покрытая лесом площадь составляет 864,9 тыс.га или 4,32% всей площади республики. И хотя динамика показателя роста площади лесов положительная, необходимо отметить, что существует явная тенденция к старению лесов, которая опережает процесс их обновления. Особенно это характерно для еловых лесов, которые слабо возобновляются естественным путем.

Лесной фонд, закрепленный за ГАООСиЛХ КР, составляет 3275,7 тыс.га, в том числе покрытая лесом площадь - 834,7 тыс.га.

Всем лесам республики, согласно нормам Лесного Кодекса Кыргызской Республики, как особо ценным, придан исключительно природоохранный статус, преследующий преимущественно экологические и санитарно-гигиенические, оздоровительные и иные защитные цели с запрещением промышленной заготовки древесины. Леса являются хранилищем генофонда и многообразием видов и форм древесно-кустарниковых пород.

Леса республики уникальны и имеют большое экологическое значение, являясь, своего рода, аккумуляторами влаги. Произрастая по склонам гор, они способствуют предотвращению селевых потоков, препятствуют образованию в горах оползней и снежных лавин, регулируют расходы воды в реках, делая их более равномерными в течение года. Поэтому вряд ли можно переоценить водорегулирующее значение лесов, как для народа Кыргызстана, так и для всего народа Центральной Азии, где земледелие основано на орошении.

Леса Кыргызстана, будучи живым элементом земной поверхности, участвуют в глобальных циклах воды, кислорода, углерода и др. Это единственный природный поглотитель углекислого газа в атмосфере, избыток которого приводит к глобальному потеплению.

Наибольшую антропогенную нагрузку испытывают мелколиственные леса, орехоплодовые, фисташники и миндальники, которые, в основном, произрастают в регионах с повышенной плотностью населения. Фактически исчезли многие массивы фисташников и миндальников.

В последнее время усилилась вырубка арчи в хозяйственных целях. Особенно заметна эта тенденция в Алайском, Кара-Кульджинском, Узгенском районах. Бедствием для орехоплодовых лесов стала хищническая заготовка капа, который вывозится в основном за пределы республики.

Решение проблем устойчивого развития лесов предполагает обеспечение воспроизводства лесных ресурсов, которое подразумевает комплекс мероприятий по лесовосстановлению и лесоразведению.

В целях сохранения, воспроизводства лесных ресурсов Госагентством реализуется Национальный план действий развития лесного хозяйства Кыргызской Республики на 2006-2010 годы, утвержденный постановлением Правительства Кыргызской Республики от 27 сентября 2006 года № 693. В 2008 году Кыргызской Республикой, первой из всех стран СНГ, начата Национальная инвентаризация лесов.

В целях сохранения уникальных реликтовых орехоплодовых и арчовых лесов, стабилизации экологической ситуации Указом Президента Кыргызской Республики от 28 июня 2006 года № 331 введен мораторий, сроком на 3 года, на рубку, переработку и реализацию особо ценных древесных пород, произрастающих на землях лесного фонда республики. Дополнительно, Законом КР сроком на 5 лет запрещена рубка, транспортировка, приобретение и сбыт, заготовка и использование, экспорт и импорт особо ценных (ореховых и арчовых) древесных пород в Кыргызской Республике.

Одним из инструментов устойчивого и многофункционального управления лесами и сохранения биоразнообразия является Интегрированный план управления лесами, который принимает во внимание одновременно все возможности ресурса, потребности и нужды всех заинтересованных сторон (лесхозы, районные и областные администрации, айыл окмоту, районные регистры, местное население, НПО) по совместному управлению лесами на основе партнерства и принятий решений на равных правах.

В целях увеличения площади лесных насаждений вне территории Гослесфонда, Госагентством заключаются договора со всеми органами местного самоуправления.

Для увеличения покрытой лесом площади и развитие лесных экосистем лесохозяйственными предприятиями Госагентства постоянно увеличиваются объемы посадки лесных культур и не только на землях гослесфонда, но и на землях аыйл-окмоту. Создаются питомники из лесных, плодовых и декоративных древесных и кустарниковых пород, заложены школьные отделения для выращивания крупномерного посадочного материала для озеленения населенных пунктов.

В соответствии с принятой лесной политикой и согласно Национального плана действий развития лесного хозяйства Кыргызской Республики, ежегодный объем лесокультурных работ в гослесфонде определен – 2000 га, вне гослесфонда – 1000 га, выращивание посадочного материала 25 млн. шт., проведение мер содействия естественному возобновлению 8 тыс. га, заготовка лесных семян 75 тонн. Восстановление насаждений из: пихты Семенова – 2 га, арчи - 255 га, ореха грецкого 110 га. Создание промышленных плантаций из быстрорастущих пород: тополя – 200 га, саксаула черного – 130 га.

В реализацию Национального Плана действий развития лесного хозяйства Кыргызской Республики на период до 2010 года лесохозяйственными предприятиями за 2009 год произведена посадка и посев леса на площади 2814 га,  посеяны питомники на площади 25,56 га - всего 45 видов древесных и кустарниковых пород; заложены школьные отделения и черенковые плантации на площади 48,3 га, высажено сеянцев и черенков 7472 тыс. шт. 33 вида древесных и кустарниковых пород.

В настоящее время санитарное состояние лесов Кыргызской Республики условно удовлетворительное, основными вредителями являются непарный шелкопряд, сливовая ложнощитовка, арчевый семяед и др. ГАООСиЛХ при поддержке Турецкого Агентства по международному сотрудничеству (ТИКА) осуществляются мероприятия по борьбе с лесными вредителями в орехоплодовых лесах Кыргызстана. Получена техническая помощь (на грантовой основе) в виде лабораторного оборудования, аэрозольных газогенераторов, инсектицидов на сумму 170,0 тыс. долларов США, созданы две новые биолаборатории в г.Жалалабат и г.Узген. Полученное лабораторное оборудование полностью отвечает международным стандартам и позволяет использовать новый биологический метод по борьбе с непарным шелкопрядом – выращивание и выпуск энтомофага Colosoma (красотела пахучего).